中医病因学的最大特点是辨证求因，即司外揣内，不仅用直接观察的方法来认识病因，更重要的是以疾病的临床表现为依据，通过分析疾病的症状、体征来推求病因，为治疗用药提供依据。因而中医学的病因，实际上寓有病机的含义。如六淫致病学，传统理论一般将六淫病邪归属于外因，认为是自然界的六种非时之气。其实，对六淫的认识不能单纯看做是外界不正之气，而应从病机上着眼，理解为各种外因和内因相作用于人体后产生的一种病理反应，即“内生六淫”。从而把病因和病机、个体差异、地域时限等统一起来，这对认识六淫发病的特点有非常重要的意义。例如同一疾病，同一致病微生物，可能由于年龄、气候、季节、地域、个体之差，而表现为性质迥然不同的六淫邪气。同是流行性出血热，江苏地区多为阳热亢盛的温热性证候，而江西地区则常见为湿热性证候，东北地区因气候寒冷凛冽则多呈伤寒型表现，因此中医强调治疗疾病时要“因时因地因人”而异，是有重要意义的。

尤其值得注意的是，由于个体差异，机体对六淫病邪的反应性各不相同，从而表现为不同的病理属性。凡属青壮年，阳气旺盛，六淫易从热化，一般均见阳热亢盛表现；而年老体衰，特别是素体阳虚之体，多表现为少阴病候，乃寒疫直中，不从热化使然。由于内生六淫是在疾病发生发展过程中表现出来的病理属性，因而可以应用取类比象的方法，确定病理属性的六淫类别，以指导某些内伤杂病的治疗。例如对中风病因的认识，历经了由外风到内风的过程，但否定了外风所致的中风，并不等于治外风药不可用以治疗中风。临床上治疗中风有偏瘫、震颤等肢体经络见症者，常用防风、秦艽、全蝎、僵蚕、地龙等治外风药，每获良效。又如治内伤头痛，常配合运用藁本、蔓荆子祛风药，也有意想不到的效果。更为重要的是，我们也常用平肝息风的天麻、钩藤、白蒺藜等治风药，来治疗荨麻疹、接触性皮炎等皮肤瘙痒等疾患。这些事实表明，外风、内风俱属疾病的病理反应，其病机实质是一致的。