本病初始，外邪束表，卫阳被遏，与邪相争故发热、微恶寒、流涕、鼻塞、喷嚏、全身肌肉酸痛；但“温邪上受，首先犯肺”，“温邪则热变最速”，时邪疫毒感染每易入肺，热毒壅肺致肺失宣肃，升降失常，出现高热、咽痛、咳嗽、气喘、咯痰之症。时邪疫毒顺传中焦阳明，则现肺胃热盛，湿浊内蕴。临床可表现为壮热不已，或起伏不定，干咳，少痰，或痰中带血，舌质红，舌苔黄腻，脉滑数等症；邪毒伤正，可传变为重症，每表现为肺热腑实，表现为发热或高热，热势较甚，喘促气促，痰涎壅盛，呛咳，面红烦躁，汗出，口渴欲饮，胸满腹胀，大便秘结，舌苔黄腻，舌质红，脉滑数等。痰浊瘀阻，热毒炽盛，亦可逆传心包，甚则邪陷正脱而致内闭外脱，或气阴、阳气外脱，临床表现为高热持续，咳逆，气急，喉中痰鸣，痰中带血，烦躁不安，时有谵语，甚至昏迷，口舌干燥，或体温骤降，额出冷汗，面色苍白，唇青肢冷，呼吸短促，咳而无力，喉中痰声如鼾，神志模糊或躁烦，甚至昏迷，舌质红绛，脉细数无力、细微欲绝等。病之后期，则耗劫下焦肝肾阴液，患者神志昏愦、尿少肢肿、呼吸微弱，更属危笃重症。

在甲型H1N1流感病程中，热毒壅肺、肺失宣肃是主要病理环节。与普通感冒迥异，被甲型H1N1流感病毒感染后，患者中毒症状往往较重、较显，除高热用一般退热药难降、肌肉酸楚疼痛明显、头痛较甚之外，一般都会出现咽痛、咳嗽、咯痰等热毒壅肺、肺失宣肃症状。大部分患者，在此阶段经正气奋力抗邪，或经用药治疗，可邪退正安。但亦有一部分患者，或因未及时治疗，或因年幼体弱，或因久病体虚，或因妊娠等，正不胜邪，致病邪沿三焦经进一步传变，病情加重，表现逆传、内陷等重症。